抗体比較サイト : お探しの抗体を早く見つけるためには?

良い抗体を早く見つけよう!

抗体は、増え続けるバイオアッセイの基盤となる不可欠な生物医学研究ツールです。したがって、現在の文献では、抗体ベースの技術を用いない生命科学の発表を見つけることは困難です。

これらの必要不可欠なラボリソースを(コストと取得時間を大幅に削減する)既製品の形で提供するため、多くのバイオテクノロジー企業が存在しています。特定の疾患にエネルギーをつぎ込んでいる数百の小規模ベンダーから、数万の抗体を提供している大企業まで、この市場は、市販の免疫グロブリンで飽和状態にあります。その数は研究での応用範囲の広さだけでなく、科学的発見の予測不可能性も反映しています。明日のターゲットも容易に入手できるようにしなければならないのです。

このような抗体の充実性は、理論的には、研究者が理想的な抗体を見つける可能性を高めますが、実際には、「選択に困る」か、「どこから手を付ければいいのか?」のいずれかのケースになります。

豊饒な抗体の便利で有益な検索ニーズに対応するために、いくつかの抗体比較サイトが設立されています。  現在、検索エンジンで「抗体」と入力すると、Antibodypedia.comCiteAb.co.ukAntibodyResource.comBiocompare.comなど、さまざまな「カタログのカタログ」が検索結果に表示されます。 これらのサイトは便利なだけでなく、検証情報やユーザーレビューを前もって提供しているサイトもあり、抗体のパフォーマンスを一括で閲覧することができます。しかし、それぞれのサイトはどのような特徴があり、どのように活用したらよいのでしょうか?

Antibodypedia

Antibodypediaは、比較サイトのリストに比較的新しく加わったもので、抗体比較のユーザーレビューの側面に大きく焦点を当てています。スウェーデンのストックホルム王立工科大学とNature Protocolsとの共同プロジェクトとして立ち上げられたこのサイトは、「マイクロジャーナル」*としてのスタイルをとっており、ユーザーが投稿したデータをアップロード前にレビューしています(ただし、このサイトは親ジャーナルの権威に到達するにはまだ道のりがあります。乞うご期待!)  33社のサプライヤーから提供された約568,865個の抗体の情報をレビューしており、18,160個の遺伝子製品を網羅しています。 この膨大な情報保管庫の検索は遺伝子を中心としたものであり、ターゲットとなるタンパク質の遺伝子名を入力するだけで、関連する結果が得られます(後述)。

便利なことに、結果はすぐにヒット件数を教えてくれます。たとえば、アルツハイマー病などの神経変性疾患を調査している人にとって関心のある遺伝子TARDBPの場合には、20のサプライヤーから156の抗体が出ていることがわかります。プロバイダー、カタログ番号、抗体の種類(ポリクローナル、モノクローナル)などの基本情報に加え、さまざまなアプリケーションでの検証データの概要(緑の円グラフ)を表示します。この視覚的な概要は、引用番号や種の反応性などの他の情報を考慮に入れながら、自分の候補リストとしてどの抗体から検討すべきかを示す素晴らしい指標となります。プロテインテック社のエントリをいくつか見てみると、この検証サマリーは正確です。ただし、Antibodypediaに投稿された独立したユーザーデータが、ベンダーのWebサイトのデータと完全に円グラフで一致しているかどうかは、自分で判断する必要があります(プロテインテック社を含め、関連する研究分野の専門家から送られたデータが表示されている場合もあります)。

Antibodypediaの重要で便利な点として他に、「高度な検索」とその比較機能があり、これにより、結果をより細かく調整することができます。特定の実験に推奨されている抗体や、特定のプロバイダーから販売されている抗体をお探しですか?「フィルター」機能を使えば、検索結果を瞬時に絞り込むことができます。さらに、サイド・バイ・サイド比較により、研究者は興味のある抗体の詳細について、各オプションを個別にスクリーニングする時間のかかる方法よりもはるかにユーザーフレンドリーな方法で見ることができます。

Antibodypediaにはまだいくつかの改善点があります。それはたとえば、H00023435-M01のカタログ番号が2つの異なるサプライヤーの下に二重に記載されているなどの事例がありますが、これは必ずしも真の間違いではなく、この抗体が製造元(Abnova Corporation)と再販業者(Novus Biologicals)の両方から販売されているためです。確かに、これは実際には問題ではなく、両方のエントリの検証データが一貫していないだけであり、このような場合、利用者側で乖離を調整する必要があります。さらに注意すべき潜在的な落とし穴として、不正確な引用情報があります。上記の例では、Antibodypediaは実は、プロテインテック社の両方のTARDBP抗体に関係する出版物の数を誤って引用しています。プロテインテック社のTARDBP抗体の12892-1-APは100件弱の論文に掲載されており、10782-2-AP1,000件以上の引用に達しています(ちょっとした違いです!)。 ですから、各社のウェブサイトで有望な候補者の引用数字をダブルチェックする価値があることが強調されます。もう一つの役に立つアドバイスは、検索のバランスをとるため、他の比較サイトを少なくとも1つ利用することです...しかし、どれがよいのでしょう?

CiteAb

もう一つの有望な学術ベースの抗体比較サイトは、バース大学 生物学・生化学科のAndrew Chalmers博士によって設立されたCiteAbです。ESPRC Knowledge Transfer Champion Fundingの支援を受け、抗体会社やXenbase、CiteAbユーザーからの情報提供を受けて、このサイトは成長してきました。現在、CiteAbの検索には40万以上の抗体が含まれており、その結果はシンプルにレイアウトされ、ユーザーフレンドリーなものとなっています。このサイトの大きな特徴は、出版データを独自の収集に特に力を入れていることから、その引用情報が信頼できる点です。ユーザーは、抗体を含めた自分の出版物の詳細をCiteAbに投稿することができ、利用者がこれを活用することで、貢献の文化と分刻みの最新情報の共有文化を育むことを目指しています。

Antibody Resource

Antibody Resourceは、その起源を90年代まで遡ることができる比較サイトであり、その後、科学者と抗体業界のベテランによって今日のウェブサイトに発展し、顧客とサプライヤーの両方の利益を融合させています。現在では20,000以上のタンパク質標的に対応し、75の独立したベンダーから供給された100万以上の抗体に由来するデータをコーディネートし、科学者が迅速かつ容易に特定の製品を見つけるために使用できるユーザーフレンドリーなマトリックスフィルターなど、多くの有用なナビゲーションツールを備えています(下の画像を参照してください)。

Antibodypediaと同様、Antibody Resourceには適切な抗体を選択するにあたって情報に基づいた判断を行うのに必要な基本的データがすべて含まれています。ただし、Antibody Resourceは他のサイトよりも一歩進んでいて、検索結果にデータの画像を表示します(現在、これを行っているのはこのサイトだけです)。これにより1つのWebページで検証データをより簡単に閲覧できるようになりました。

 

Antibody Resourceのもう一つの便利な機能は、人気指標バーです(PAX8の検索結果で示される上の画像の左側を参照)。この指標は、他のユーザーの閲覧行動に影響されるもので、似たような研究者が何を閲覧し、何を購入しているかを教えてくれます。

Antibody Resourceの検索結果に欠けている唯一の機能は、比較におけるユーザーレビューと、いくつかの結果を並べて比較するオプションです。しかし、Antibody Resourceは、ユーザーレビュー機能を近日中に開始することを認めています。

注目すべき重要な点は、Antibody Resourceのリストは、最高の抗体を宣伝しているサプライヤーによって影響を受ける可能性があるということですが、同サイトでは、単一の抗体サプライヤーがリストや検索マッチを独占することはないことをユーザーに保証しています(つまり、単一の企業による独占的な宣伝はないということです)。これはサプライヤーの最善の利益を念頭に置いているように見えるかもしれませんが、このアプローチでは、アルファベット順のリストが不要になり、ユーザーとサプライヤーの両方に利益をもたらします(ですから、「a」で始まる企業はそれを頼みにあぐらをかいていることはできません)。

Biocompare

他にも(まだ使っていない方は)便利な比較サイトとしてBiocompareがあります。便利な理由は主に、膨大な量の抗体市場や他市場をカバーしているからです(顕微鏡や細胞培養品などが検索できます)。ホームページをクリックして抗体検索をすると、Biocompareがユーザーフレンドリーでシンプルなレイアウトを目指しており、編集セクションも充実していることがすぐにわかります。このサイトは上記の比較サイトと同じ基本的な結果を表示しますが、検証データの要約とユーザーレビューへのリンクが欠けているものの、研究者からの独立した製品評価を表示する別の製品レビューセクションがあります。繰り返しになりますが、Biocompareはサプライヤーがそのリストに影響を与えることを可能にしており、これは、ある検索で「スポンサー製品」の結果セクションが表示されることで容易に見てとれます。

プロテインテック社からのメッセージ:お気に入りの抗体検索エンジンや別の検索方法はありますか?プロテインテック社にぜひご意見をお寄せください!@Proteintechでツイートするか、以下からこの投稿に返信してください。

 *Tool Talesより引用:Antibodypedia - 完璧なパートナーを探す

この記事は、プロテインテック社のゲストブロガーであるHarsh Amin氏とプロテインテック社のブログ編集者であるDeborah Grainger氏のコラボ記事です。

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Posted:
18 January, 2013

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